Sekolah Alam Gaharu tidak dapat dipisahkan dari sejarah awal keberadaannya. Bermula dari keinginan mendirikan ‘tempat ngaji’, berdirilah Nun Learning Center yang menyelenggarakan TPQ. Keberadaan lembaga ini dimaksudkan untuk membina generasi yang cerdas, berwawasan luas dan berakhlak mulia. Alasan ini pula yang selanjutnya mendorong pengembangan lembaga dengan mendirikan Lembaga Pendidikan berikutnya. Sebelum menemukan konsep pendidikan yang cocok, pasangan pendiri Sekolah Alam Gaharu, yaitu dr. Ummie Wasitoh, Sp. PD dan Drs. Ahmad Rofie Usmani berkeliling mengunjungi berbagai lembaga dan konsep pendidikan ke sebagian penjuru nusantara, hingga akhirnya memilih konsep Sekolah Alam dengan harapan melalui pendidikan yang dirintis ini mampu menjawab permasalahan kerusakan lingkungan yang terjadi hari ini.
Sekolah Alam Gaharu sangat memberi perhatian pada upaya mengajarkan Quran sejak dini. Ilmu Quran diharapkan menjadi bekal dan bingkai dalam menjalani peran khalifah di muka bumi. Sekolah Alam Gaharu selalu berupaya menghadirkan kegiatan pembelajaran yang sesuai dengan fitrah anak dan menguatkan jati diri mereka untuk dapat menjadi pemimpin yang tangguh yang didasari nilai qurani dan dapat bermanfaat untuk masyarakat sekitar.
Taman Pendidikan Al-Quran dan Sekolah Alam Gaharu berada di bawah naungan Yayasan Nun Bina Muda Indonesia. Yayasan ini didirikan pada tanggal 31 Juli 2007 dengan akta Notaris No. 108 tanggal 30 November 2007, dan disahkan dengan SK Menteri Hukum & Hak Asasi Manusia Republik Indonesia No. AHU.2270.AH.01.01 pada tahun 2009. Untuk menjalankan kegiatannya, Yayasan mendirikan lembaga NUN LEARNING CENTER (NLC).
Pada tahun 2011, NLC mendirikan Sekolah Alam Gaharu yang melayani program pendidikan untuk jenjang prasekolah yang kemudian mendapatkan izin operasional dari Kementerian Agama melalui Kantor Wilayah Jawa Barat sebagai Raudhatul Atfal Gaharu dengan nomor izin operasional 0307/0213/IO.RA.0082/2015 dengan Nomor Statistik Madrasah 101232040733 dan NPSN 69940940. Pada tahun 2015 NLC membuka program sekolah dasar dan tetap menggunakan konsep sekolah alam yang mendapatkan izin operasional dari Kementerian Agama melalui Kantor Wilayah Jawa Barat sebagai Madrasah Ibtidaiyah Sekolah Alam Gaharu dengan nomor 0008/IPM/2018 dengan Nomor Statistik Madrasah 111232040216, dan NPSN 69982930 serta telah terakreditasi Baik pada tahun 2019 dengan Nomor SK 1442/BAN-SM/SK/2019.
Pada Tahun 2019 dibuka pula Program PG dan Daycare Sekolah Alam Gaharu. Seluruh Aktivitas Sekolah Alam yang menempati lahan seluas 2000 meter persegi ini berlokasi di Jl. Endung Suria I, RT 01 RW 16 Komplek Bumi Kertamanah, Baleendah, Kabupaten Bandung. Kini, Sekolah Alam Gaharu melayani 150 siswa di semua jenjang, yang diasuh oleh 30 orang guru dan staf.