Program yang disusun oleh Sekolah Alam Gaharu tentu tidak lepas dari konsep sekolah alam secara umum. Konsep sekolah alam sendiri digagas pertama kali oleh Lendo Novo tahun 1998. Konsep Sekolah Alam mengintegrasikan empat pilar pendidikan yang diyakini menjadi faktor kunci keunggulan umat manusia, yaitu pilar akhlaq, ilmu, kepemimpinan serta Pilar Bisnis dan Kewirausahaan. Keempat pilar ini dilandaskan kepada konsep bahwa manusia sebagai khalifah fil ardh haruslah memiliki pemahaman dan mempraktikan cara tunduk manusia kepada Sang Pencipta, cara tunduk alam semesta kepada Sang Pencipta, cara manusia menjadi khalifatullah dimuka bumi dan cara mencari rizki yang halal.
Karena itu, kurikulum Sekolah Alam bukan hanya menekankan pada tercapainya tujuan akademik (Kurikulum Nasional), melainkan juga mengembangkan kurikulum non-akademik khas Sekolah Alam yang mengedepankan ragam kegiatan berbasis alam dan budaya lokal. Dalam konsep pendidikan Sekolah Alam Gaharu, fungsi alam adalah sebagai berikut:
Alam sebagai ruang belajar artinya belajar bisa di mana saja, kapan saja dan kepada siapa saja
Alam sebagai media dan bahan ajar artinya apa yang ada di alam dan juga termasuk barang bekas sekalipun haruslah bisa dijadikan media dan bahan ajar, sehingga pembelajaran tidak tergantung kepada bahan ajar yang harganya mahal.
Alam sebagai objek pembelajaran artinya proses pembelajaran di sekolah alam berupaya menngedepankan proses eksplorasi dan observasi terhadap fenomena alam yang terjadi sehari-hari sebagai tanda kekuasaan Allah Sang Pencipta
Dalam konsep Sekolah Alam mutu sekolah bukan ditentukan oleh fasilitas yang mewah, prestasi akademik yang menonjol atau dari presepsi masyarakat sebagai sekolah favorit. Mutu Sekolah dalam Konsep Sekolah Alam didasarkan kepada:
Kurikulum sekolah seharusnya pro akhlak dan bakat peserta didik, dan oleh karenanya harus merupakan hasil penstrukturan pengalaman peserta didik berinteraksi dengan lingkungannya, baik lingkungan biotik maupun abiotik serta pengalamannya berinteraksi dengan para ahli / maestro di bidangnya masing-masing dalam berbagai kegiatan sosial dan bisnis.
Guru; Mutu pendidikan ditentukan terutama oleh tenaga kependidikan baik guru / ustadz (pengajar) dan tenaga pendukung proses belajar mengajar di sekolah seperti tenaga administrasi, kebersihan, keamanan dll.
Alam; Sebagai sumber dan media ajar yang mendukung secara langsung dalam proses pembelajaran siswa.
Agar dalam pelaksanaan proses belajar mengajar dan manajerialnya tetap berada dalam core values sekolah alam, maka Sekolah Alam Gaharu tergabung dalam Jaringan Sekolah Alam Nusantara (JSAN). Di JSAN ini Sekolah Alam Gaharu terlibat dalam berbagai kegiatan baik penguatan SDM, kegiatan siswa maupun penguatan Manajemen Sekolah. Hingga saat ini Sekolah Alam Gaharu telah menyelenggarakan program untuk jenjang Play Group & Daycare, Raudatul atfal yang setara dengan TK, dan Madrasah Ibtidaiyah yang setara dengan Sekolah Dasar